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au:"LEMOS, ELIANA GERTRUDES MACEDO"

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Gene expression during the germination of coffee seed
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Silva, Edvaldo Aparecido Amaral da

; Acencio, Marcio Luis

; Bovolenta, Luiz Augusto

; Lemke, Ney

; Varani, Alessandro de Mello

; Bravo, Juliana Pereira

; Hoshino-Bezerra, Andrea Akemi

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

Journal of Seed Science

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- Sobre o periódico
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Abr 2019, Volume 41 Nº 2 Páginas 168 - 179

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Resumo: A germinação da semente do café (Coffea arabica L.) é resultado de eventos que ocorrem simultaneamente no embrião e endosperma. Para entender os mecanismos moleculares responsáveis por estes eventos, nós realizamos uma análise transcricional do embrião e dos endospermas micropilar e lateral de sementes embebidas por 10 dias. O sequenciamento obteve contigs que codificam 16.813 proteínas. Destas, 14.005 (~ 83%) foram altamente similares a pelo menos uma sequência de proteína na base de dados nr. 162 genes foram significativamente expressos em embrião, 36 em endosperma micropilar e 72 em endosperma lateral. A análise de tecido-especificidade dos genes significativamente expressos mostrou que a maior proporção de genes específicos está no embrião (113/162, ~70%), enquanto 11 genes foram expressos nos endospermas lateral e micropilar. No embrião, os genes foram associados principalmente com estresse abiótico, crescimento celular e comunicação intercelular. Nos endospermas micropilar e lateral, eles foram associados com estresse abiótico e degradação da parede celular. A acurácia da análise de RNA-seq foi confirmada por RT-qPCR. Este trabalho acrescenta novas informações sobre os mecanismos moleculares envolvidos na germinação de sementes de café.

Abstract: Germination of the coffee (Coffea arabica L.) seed is the result of events that occur simultaneously in the embryo and endosperm. To understand the molecular mechanisms responsible for these events, we undertook a transcriptome analysis of embryo, micropylar and lateral endosperms from 10-day-imbibed seeds. The sequencing yielded contigs coding for 16,813 proteins. From those, 14,005 (~ 83%) were highly similar to at least one protein sequence in the nr database. 162 genes were significantly expressed in the embryo, 36 in the micropylar endosperm and 72 in the lateral endosperm. The tissue specificity analysis of the significantly expressed genes showed that the embryo had the highest proportion of specific genes (113/162, ~70%), while 11 were expressed in the micropylar and lateral endosperms. In the embryo, genes were mainly associated with abiotic stress, cell growth, and intercellular communication. In the micropylar and lateral endosperms, they were associated with abiotic stress and cell wall degradation. The accuracy of RNA-seq data was confirmed by RT-qPCR. This work adds new information about the molecular mechanism involved in coffee seed germination.

https://doi.org/10.1590/2317-1545v41n2208263 1531 downloads

Xylella fastidiosa: An in vivo system to study possible survival strategies within citrus xylem vessels based on global gene expression analysis
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Federici, María Teresa

; Marcondes, Jackson A

; Picchi, Simone Cristina

; Stuchi, Eduardo S

; Fadel, André Luiz

; Laia, Marcelo L

; Lemos, Manoel Victor F

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

Electronic Journal of Biotechnology

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Mai 2012, Volume 15 Nº 3 Páginas 4 - 4

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

Xylella fastidiosa inhabits the plant xylem, a nutrient-poor environment, so that mechanisms to sense and respond to adverse environmental conditions are extremely important for bacterial survival in the plant host. Although the complete genome sequences of different Xylella strains have been determined, little is known about stress responses and gene regulation in these organisms. In this work, a DNA microarray was constructed containing 2,600 ORFs identified in the genome sequencing project of Xylella fastidiosa 9a5c strain, and used to check global gene expression differences in the bacteria when it is infecting a symptomatic and a tolerant citrus tree. Different patterns of expression were found in each variety, suggesting that bacteria are responding differentially according to each plant xylem environment. The global gene expression profile was determined and several genes related to bacterial survival in stressed conditions were found to be differentially expressed between varieties, suggesting the involvement of different strategies for adaptation to the environment. The expression pattern of some genes related to the heat shock response, toxin and detoxification processes, adaptation to atypical conditions, repair systems as well as some regulatory genes are discussed in this paper. DNA microarray proved to be a powerful technique for global transcriptome analyses. This is one of the first studies of Xylella fastidiosa gene expression in vivo which helped to increase insight into stress responses and possible bacterial survival mechanisms in the nutrient-poor environment of xylem vessels.

3647 downloads

Biosurfactants production by yeasts using soybean oil and glycerol as low cost substrate
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Accorsini, Fábio Raphael

; Mutton, Márcia Justino Rossini

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Benincasa, Maria

Brazilian Journal of Microbiology

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Mar 2012, Volume 43 Nº 1 Páginas 116 - 125

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

Biosurfactants are bioactive agents that can be produced by many different microorganisms. Among those, special attention is given to yeasts, since they can produce many types of biosurfactants in large scale, using several kinds of substrates, justifying its use for industrial production of those products. For this production to be economically viable, the use of residual carbon sources is recommended. The present study isolated yeasts from soil contaminated with petroleum oil hydrocarbons and assessed their capacity for producing biosurfactants in low cost substrates. From a microbial consortium enriched, seven yeasts were isolated, all showing potential for producing biosurfactants in soybean oil. The isolate LBPF 3, characterized as Candida antarctica, obtained the highest levels of production - with a final production of 13.86 g/L. The isolate LBPF 9, using glycerol carbon source, obtained the highest reduction in surface tension in the growth medium: approximately 43% of reduction after 24 hours of incubation. The products obtained by the isolates presented surfactant activity, which reduced water surface tension to values that varied from 34 mN/m, obtained from the product of isolates LBPF 3 and 16 LBPF 7 (respectively characterized as Candida antarctica and Candida albicans) to 43 mN/m from the isolate LPPF 9, using glycerol as substrate. The assessed isolates all showed potential for the production of biosurfactants in conventional sources of carbon as well as in agroindustrial residue, especially in glycerol.

7371 downloads Citado 3 vezes em SciELO

Caracterização química dos géis produzidos pelas bactérias diazotróficas Rhizobium tropici e Mesorhizobium sp.
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Monteiro, Nilson Kobori

; Aranda-Selverio, Gabriel

; Exposti, Diego Tadeu Degli

; Silva, Maria de Lourdes Corradi da

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Campanharo, João Carlos

; Silveira, Joana Léa Meira

Química Nova

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2012, Volume 35 Nº 4 Páginas 705 - 708

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

The exopolysaccharides with characteristics of gel produced by Rhizobium tropici (EPS RT) and Mesorhizobium sp (EPS MR) are acidic heteropolysaccharide composed mainly of glucose and galactose in a molar ratio of 4:1 and 5:1 respectively, with traces of mannose (~ 1%). Chemical analysis showed the presence of uronic acid, pyruvate and acetyl-substituents in the structures of both polymers. Experiments of gel permeation chromatography and polyacrylamide gel electrophoresis showed that EPS RT and EPS MR are homogeneous molecules with low grade of polydispersity. The EPS were characterized using spectroscopic techniques of FT-IR, ¹H and 13C-NMR.

2902 downloads Citado 1 vez em SciELO

Propriedades reológicas e efeito da adição de sal na viscosidade de exopolissacarídeos produzidos por bactérias do gênero Rhizobium
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Aranda-Selverio, Gabriel

; Penna, Ana Lúcia Barretto

; Campos-Sás, Luciana Frizarin

; Santos Junior, Osvaldo dos

; Vasconcelos, Ana Flora Dalberto

; Silva, Maria de Lourdes Corradi da

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Campanharo, João Carlos

; Silveira, Joana Léa Meira

Química Nova

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2010, Volume 33 Nº 4 Páginas 895 - 899

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Viscosity of some polysaccharide solutions supports that these molecules can be applied in food sectors. Four exopolysaccharides (R1, R2, R3, R4) produced by different Rhizobium strains were selected. Sugar composition and differences in the uronic acid contents suggests that chemical structure of these molecules can vary when different culture conditions and strains are analyzed. The Power Law was the rheological model used to represent the experimental data of shear stress versus shear rate. All exopolysaccharides showed non-Newtonian behavior, with pseudoplastic characteristics. R1, R2 and R4 showed a slight increase in viscosity in the presence of 0,2 M NaCl.

6047 downloads Citado 2 vezes em SciELO

Identificação de híbridos de citros resistentes à mancha-marrom-de-alternária por meio de fAFLP e testes de patogenicidade
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Chagas, Edvan Alves

; Cazetta, Jairo Osvaldo

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Pasqual, Moacir

; Goes, Antonio de

; Ramos, Jose Darlan

; Pio, Rafael

; Barbosa, Wilson

; Mendonça, Vander

; Ambrosio, Luis Alberto

Pesquisa Agropecuária Brasileira

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Jul 2007, Volume 42 Nº 7 Páginas 975 - 983

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O objetivo deste trabalho foi identificar híbridos, oriundos de hibridações controladas entre 'Folha Murcha' x 'Ponkan' e testá-los quanto à resistência a Alternaria alternata f. sp. citri. As plântulas foram obtidas via cultura in vitro de embriões. Utilizou-se o marcador molecular fAFLP para identificação dos híbridos e, em seguida, realizou-se o teste de patogenicidade nos híbridos com isolados de Alternaria alternata f. sp. citri, em condições de laboratório. Os pares de primers EcoRI AAG - MseI CAG e EcoRI ACC - MseI CAA foram os mais eficientes na identificação dos híbridos, os quais identificaram 48,5% de híbridos. Os híbridos F64, F108, F111, F113, F131 e F139 são potencialmente resistentes a Alternaria alternata f. sp. citri.

The objective of this work was to identify hybrids obtained from controlled crossings between 'Folha Murcha' x 'Ponkan', and to check their resistance to Alternaria alternata f. sp. citri. The seedlings were obtained by in vitro embryo culture. The fAFLP marker technique was used to identify the hybrids, then laboratory pathogenicity test of the hybrids was accomplished with Alternaria alternata f. sp. citri isolates. The pairs of primers EcoRI AAG - Msel CAG and EcoRI ACC - Msel CAA were the most efficient for hybrids identification, and distinguished 48.5% of hybrids. Hybrids F64, F108, F111, F113, F131 and F139 showed potential resistance to the Alternaria alternata f. sp. citri.

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Comportamento de cultivares de manga (Mangifera indica L.) em relação à malformação
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Zaccaro, Ronaldo Posella

; Donadio, Luiz Carlos

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Perecin, Dilermando

Revista Brasileira de Fruticultura

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Abr 2007, Volume 29 Nº 1 Páginas 115 - 119

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

A malformação da mangueira causada pelo fungo Fusarium subglutinans Wollenweb & Reinking é provavelmente a doença que mais causa prejuízos à produção de manga no Brasil e em outros países produtores. Esse fungo foi isolado de uma planta-matriz da cultivar Tommy Atkins com avançados sintomas da doença, purificado e preparado para ser inoculado em 15 cultivares de manga nacionais e importadas. Inicialmente, foram inoculadas, em julho de 2000, 10 cultivares: Bourbon IAC - 100, Coração-de-Boi, Keitt, Parvin, Primor de Amoreira, Sensation, Smith, Surpresa, Tommy Atkins e Van Dyke. O segundo grupo foi inoculado em dezembro de 2000, com as cultivares: Adams, Bhadauran, Palmer, Princesa e Zill, e repetiu-se a inoculação com outras mudas das cultivares Primor de Amoreira, Sensation e Tommy Atkins, com a finalidade de se compararem as duas épocas de inoculação. Através dos dados obtidos com as plantas avaliadas nas duas épocas de inoculação, após 11 meses de observações, realizou-se o teste de médias Z para comparar a proporção de plantas doentes entre as cultivares, podendo-se concluir, com os resultados obtidos, que as cultivares Bhadauran, Palmer, Parvin, Sensation, Surpresa, Van Dyke e Zill apresentam menor porcentagem de plantas com sintomas de malformação ou menor progressão de sintomas em relação às outras cultivares inoculadas, para as condições de ambiente protegido em que foram realizados os ensaios.

The malformation of mango caused by the fungus Fusarium subglutinans Wollenweb & Reinking is probably one of the diseases that causes more damages in the mangoes production in Brazil and other producer countries. This fungus was isolated from a Tommy Atkins plant with advanced symptoms of malformation, purified and prepared to be inoculated in 15 cultivars of national and imported mangoes. Initially, 10 cultivars had been inoculated in July/2000: Bourbon IAC - 100, Coração de Boi, Keitt, Parvin, Primor de Amoreira, Sensation, Smith, Surpresa, Tommy Atkins and Van Dyke. The second group was inoculated in December/2000, on the cultivars: Adams, Bhadauran, Palmer, Princesa and Zill, and the inoculation were repeated with others cultivars: Primor de Amoreira, Sensation and Tommy Atkins, with the purpose of comparing the two different times of inoculation. Throughout the data collected at the different times, after 11 months of evaluation, the analysis with Z mean test was made to compare the averages of unhealthy plants from inoculated cultivars. It can be concluded with the results obtained that the cultivars Bhadauran, Palmer, Parvin, Sensation, Surpresa, Van Dyke and Zill present smaller percentage of plants with malformation symptoms or smaller progression of symptoms in relation to the other inoculated cultivars, under protected environmental conditions, where the assays were carried out.

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Utilização de marcador molecular SCAR na identificação de Fusarium subglutinans, agente causal da malformação da mangueira
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Zaccaro, Ronaldo Posella

; Carareto-Alves, Lucia Maria

; Travensolo, Regiane Fátima

; Wickert, Ester

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

Revista Brasileira de Fruticultura

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2007, Volume 29 Nº 3 Páginas 563 - 570

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O gênero Fusarium é responsável por doenças em diversas plantas economicamente importantes. Entre estas doenças, destaca-se a malformação da mangueira, causada pelo fungo Fusarium subglutinans. O objetivo deste trabalho foi desenvolver oligonucleotídeos iniciadores para reação em cadeia da polimerase (PCR), específicos para o fungo F. subglutinans da mangueira. A amplificação de DNA de oito Fusarium spp. de diferentes hospedeiros, usando o oligonucleotídeo randômico UBC-41 (TTAACCGGGG), produziu um fragmento de aproximadamente 1.300 pb somente para o fungo da mangueira. Tendo em vista que padrões de bandeamento por RAPD não são considerados confiáveis devido à baixa reprodutibilidade dos resultados, o fragmento diferencial foi eluído do gel de agarose, purificado, clonado e seqüenciado. As seqüências nucleotídicas foram utilizadas para identificar e sintetizar quatro pares de oligonucleotídeos específicos, denominados Fs 5, Fs 13, Fs 14 e Fs 15. DNAs de Fusarium spp. de outros hospedeiros (alho, amendoim, cana-de-açúcar, ciclâmen, ervilha, melão e trigo), da planta de mangueira cv. Tommy Atkins sadia e de outros cinco isolados de F. subglutinans de mangueira sintomática, foram submetidos à amplificação com os pares de oligonucleotídeos. Fragmentos amplificados foram visualizados somente para F. subglutinans de mangueira, demonstrando assim a especificidade dos oligonucleotídeos SCAR desenhados.

The Fusarium genus is responsible for serious diseases in many economically important crops. Among these diseases it is distinguished the mango flower malformation, caused by the fungus Fusarium subglutinans. The objective of this work was to develop specific oligonucleotide primers for the polymerase chain reaction (PCR) targeting the mango flower malformation by fungus F. subglutinans. The DNA amplification of eight Fusarium spp. collected from different hosts making the use of a random oligonucleotide primer UBC-41 generated a fragment of approximately 1300 pb in size, specifically for the mango flower malformation fungus (Fusarium subglutinans). Since standard RAPD banding patterns are not considered reliable because of their low results of reproducibility, the distinctive fragment was eluted off the agarose gel, purified, cloned and then sequenced. The nucleotide sequences were used to identify and also to synthesize four pairs of specific oligonucleotide named herein Fs 5, Fs 13, Fs 14 and Fs 15. Other Fusarium spp. DNAs sampled from other hosts (garlic, peanut, sugarcane, cyclamen, pea, melon and wheat), from a healthy mango tree cv. Tommy Atkins and other six isolates from symptomatic mango plants were submitted to PCR amplification with these pairs of oligonucleotide. Only fragments from the mango tree fungus Fusarium subglutinans were visualized, showing this way the SCAR oligonucleotide specificity.

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Microenxertia em cultivares de manga
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Zaccaro, Ronaldo Posella

; Donadio, Luiz Carlos

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

Revista Brasileira de Fruticultura

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Dez 2006, Volume 28 Nº 3 Páginas 533 - 535

Resumo: En Pt | Texto: En Pt | PDF: En | PDF: Pt

This research was carried out with the purpose to produce mangoes trees free of fungus Fusarium subglutinans, causal agent of mango malformation by using the apex meristem to substitute it for the meristem of the commercial cultivar Tommy Atkins. This micrografting methodology was denominated "meristem substitution" through which the cultivars Coquinho, Espada, Ouro and Ubá were used as rootstocks. The micrografts were collected from 'Tommy Atkins' mother plant without malformation symptoms. Firstly, branch apexes were cut off having length of 3 cm. Each apex meristem was placed in an antioxidant solution composed of ascorbic acid, citric acid and cistein, to avoid the oxidation of the fenolic compounds. The apex meristem was cut with 2 mm length. The apex meristem and leaves of the rootstock were also cut off then the apex meristem of Tommy Atkins was placed on the extremity of the rootstock, being covered with ParafilmR. It was demonstrated that micrografting technique may develop matrix plants to implant a cloned garden in the protected greenhouse conditions.

Com a finalidade de se testar a viabilidade do método de microenxertia para produzir mudas de mangueira livres do fungo Fusarium subglutinans, agente causal da malformação, foram realizados experimentos utilizando-se do ápice meristemático da cultivar Tommy Atkins. Retirou-se o ápice meristemático do porta-enxerto e colocou-se o ápice meristemático da cultivar-copa, denominando-se essa metodologia de "microenxertia por substituição de ápice meristemático", na qual foram utilizadas as cultivares Coquinho, Espada, Ouro e Ubá como porta-enxertos. O material de propagação utilizado foi retirado de uma planta-matriz da cultivar Tommy Atkins sem sintomas de malformação. Primeiramente, a parte apical dos ramos foi cortada com aproximadamente 3 cm de comprimento. Os meristemas foram colocados em uma solução antioxidante composta de ácido ascórbico, ácido cítrico e L-cisteína, para evitar a oxidação dos compostos fenólicos existentes na manga. Os meristemas apicais foram cortados com comprimento de 2 mm. Em seguida, efetuou-se o corte do meristema apical e de folhas do porta-enxerto, colocando-se o meristema apical sobre o corte do porta-enxerto, recobrindo-se com Parafilm®. Demonstrou-se com a técnica de microenxertia a possibilidade de formação de plantas-matrizes, para implantação de jardim clonal em condições de viveiro protegido.

10.

Variação genética em progênies de Myracrodruon urundeuva F.F. & M.F. Allemão em três sistemas de cultivo
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Freitas, Miguel Luiz Menezes

; Aukar, Ana Paula de Andrade

; Sebbenn, Alexandre Magno

; Moraes, Mario Luiz Teixeira de

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

Revista Árvore

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Jun 2006, Volume 30 Nº 3 Páginas 319 - 329

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Myracrodruon urundeuva (aroeira) é uma das espécies arbóreas que apresentam madeira de maior durabilidade em contato com o solo. Em razão dessa característica, populações naturais de M. urundeuva, distribuídas por quase todo o Brasil, vêm sendo dizimadas. Desse modo, o presente trabalho teve por objetivo avaliar a expressão da variação genética em uma população natural de M. urundeuva procedente da Estação Ecológica do Instituto Florestal, localizada em Paulo de Faria, SP. Coletaram-se sementes de 30 árvores de polinização livre, em setembro de 1996. Com esse material, foram instalados três testes de progênies em diferentes sistemas de plantio em Selvíria, MS, obedecendo a um delineamento em blocos casualizados, com 30 tratamentos (progênies) e três repetições. Foi assumido o modelo de cruzamento misto para essa espécie. Verificou-se que houve diferença significativa nos efeitos de progênies e ambiente (testes de progênies), e a interação progênies x ambientes não foi significativa. Desse modo, as progênies apresentaram comportamento semelhante nos diferentes ambientes. A melhor "performance" das progênies foi no plantio envolvendo M. urundeuva, Guazuma ulmifolia (Lam) e Anandenanthera falcata (Benth. Speg.), as quais também apresentaram considerável variação genética, indicando alto valor para programas de conservação e melhoramento genético.

Myracrodruon urundeuva is one of the tree species the wood that presents the longest durability when in contact with soil. Because of this characteristic, populations of M. urundeuva have been decimated throughout Brazil. Therefore, this work aimed at analyzing the expression of genetic variation in a natural population of M. urundeuva from the Ecological Station of the Forest Institute, located in Paulo de Faria-SP. Seeds were collected from 30 free-pollination trees in September, 1996. By using this material, three progeny trials were installed in different planting systems in Selvíria - MS, following a block design with 30 treatments (progenies) and three replications. The mixed crossbreeding model for M. urundeuva was assumed. Significant differences were observed for progeny effects (progeny trials) although the progenies-environments interaction was not significant. Thus, progenies presented the same behavior in different environments; however, their best performance was in the planting involving M. urundeuva, Guazuma ulmifolia (Lam) and Anandenanthera falcata (Benth. Speg.). The progenies also presented considerable genetic variation; hence its utilization in programs for conservation and genetic improvement.

2786 downloads Citado 3 vezes em SciELO

11.

Caracterização molecular através da técnica fAFLP de isolados de Diaporthe citri
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Nozaki, Márcia de Holanda

; Camargo, Margarete

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Aukar, Ana Paula de Andrade

; Barreto, Modesto

Summa Phytopathologica

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Jun 2006, Volume 32 Nº 2 Páginas 147 - 150

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

A citricultura é um mercado em expansão, principalmente no Estado de São Paulo, cuja importância na balança comercial já é reconhecida. Como em qualquer espécie cultivada, o crescimento das áreas de cultivo favorecem também o crescimento de problemas fitossanitários. Desta forma, as espécies de citros são afetadas por diversas doenças destacando-se entre elas a melanose, causada por Diaporthe citri (Wolf.), à qual a grande maioria das variedades comerciais são suscetíveis. O conhecimento da diversidade intra-específica é de grande importância, já que esta poderá auxiliar na seleção de variedades com resistência. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética em isolados de Diaporthe citri, originários de diferentes locais, variedades e partes da planta, utilizando marcadores moleculares. Marcadores do tipo AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) foram utilizados para caracterização de dez isolados do patógeno. Os DNAs genômicos extraídos da massa micelial foram utilizados nas reações de amplificação. A técnica fluorescent AFLP permitiu a distinção dos isolados estudados, tendo sido classificados em quatro grupos distintos. Contudo, estes grupos não foram formados em razão da região geográfica, parte da planta ou variedade.

Citriculture is a market in expansion specially in Sao Paulo State, whose importance in the economy is already recognized. Like any other cultivated species, the increase of planted areas contributes to an increase in disease problems. Thus, many diseases affect citrus species, including melanose, caused by Diaporthe citri (Wolf.), to which most commercial varieties are susceptible to the disease. Knowledge of the intra-specific diversity is important when selecting varieties for resistance. This study evaluated the genetic variability among Diaporthe citri isolates, obtained from different geographical regions, varieties, and parts of the plant using molecular markers. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) markers were used to characterize ten isolates of this pathogen. Genomic DNAs extracted from mycelial mass were used in amplification reactions. fAFLP allowed separation of the isolates into four distinct groups. However, genetic similarity analysis did not group isolates by location, variety or part of the plant.

1927 downloads

12.

Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource
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Vieira, Luiz Gonzaga Esteves

; Andrade, Alan Carvalho

; Colombo, Carlos Augusto

; Moraes, Ana Heloneida de Araújo

; Metha, Ângela

; Oliveira, Angélica Carvalho de

; Labate, Carlos Alberto

; Marino, Celso Luis

; Monteiro-Vitorello, Claúdia de Barros

; Monte, Damares de Castro

; Giglioti, Éder

; Kimura, Edna Teruko

; Romano, Eduardo

; Kuramae, Eiko Eurya

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Almeida, Elionor Rita Pereira de

; Jorge, Érika C.

; Albuquerque, Érika V. S.

; Silva, Felipe Rodrigues da

; Vinecky, Felipe

; Sawazaki, Haiko Enok

; Dorry, Hamza Fahmi A.

; Carrer, Helaine

; Abreu, Ilka Nacif

; Batista, João A. N.

; Teixeira, João Batista

; Kitajima, João Paulo

; Xavier, Karem Guimarães

; Lima, Liziane Maria de

; Camargo, Luis Eduardo Aranha de

; Pereira, Luiz Filipe Protasio

; Coutinho, Luiz Lehmann

; Lemos, Manoel Victor Franco

; Romano, Marcelo Ribeiro

; Machado, Marcos Antonio

; Costa, Marcos Mota do Carmo

; Sá, Maria Fátima Grossi de

; Goldman, Maria Helena S.

; Ferro, Maria Inês T.

; Tinoco, Maria Laine Penha

; Oliveira, Mariana C.

; Van Sluys, Marie-Anne

; Shimizu, Milton Massao

; Maluf, Mirian Perez

; Eira, Mirian Therezinha Souza da

; Guerreiro Filho, Oliveiro

; Arruda, Paulo

; Mazzafera, Paulo

; Mariani, Pilar Drummond Sampaio Correa

; Oliveira, Regina L.B.C. de

; Harakava, Ricardo

; Balbao, Silvia Filippi

; Tsai, Siu Mui

; Mauro, Sonia Marli Zingaretti di

; Santos, Suzana Neiva

; Siqueira, Walter José

; Costa, Gustavo Gilson Lacerda

; Formighieri, Eduardo Fernandes

; Carazzolle, Marcelo Falsarella

; Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães

Brazilian Journal of Plant Physiology

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Mar 2006, Volume 18 Nº 1 Páginas 95 - 108

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de "commodities". O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados "online" em <A HREF="http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe">http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.

Coffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa, representing specific stages of cells and plant development that after trimming resulted in 130,792, 12,381 and 10,566 sequences for each species, respectively. The ESTs clustered into 17,982 clusters and 32,155 singletons. Blast analysis of these sequences revealed that 22 % had no significant matches to sequences in the National Center for Biotechnology Information database (of known or unknown function). The generated coffee EST database resulted in the identification of close to 33,000 different unigenes. Annotated sequencing results have been stored in an online database at <A HREF="http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe">http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Resources developed in this project provide genetic and genomic tools that may hold the key to the sustainability, competitiveness and future viability of the coffee industry in local and international markets.

11944 downloads

13.

Expressão protéica diferencial entre plântulas apomíticas e zigóticas de citros
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Silva, Cristina Lacerda Soares Petrarolha

; Machado, Marcos Antônio

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

Revista Brasileira de Fruticultura

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Abr 2004, Volume 26 Nº 1 Páginas 1 - 4

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Existem evidências do envolvimento de um ou poucos genes controlando o processo apomítico em citros; entretanto, a identidade destes genes, seus produtos e suas formas de atuação ainda não foram elucidados. Sendo as proteínas o produto final da expressão gênica, o processo apomítico pode ser investigado através do estudo da expressão protéica. A técnica da eletroforese bidimensional de proteínas foi empregada nesta pesquisa, objetivando a comparação de perfis protéicos de plântulas apomíticas e zigóticas de citros obtidas a partir de cruzamento entre Citrus sinensis L. Osb. cv. Pêra e Poncirus trifoliata cv. Rubidoux. Observou-se, nestes perfis bidimensionais, a ocorrência de três classes de proteínas: a primeira presente em ambos os perfis, a segunda exclusiva do perfil apomítico e a terceira exclusiva do perfil zigótico. Dentro da classe de proteínas compartilhada por ambos os perfis, observaram-se diferenças no nível de expressão entre zigóticos e apomíticos. A classe protéica exclusiva do perfil zigótico, provavelmente, está relacionada à expressão de genes herdados do parental masculino. Já dentre as proteínas exclusivas do perfil apomítico, podem estar proteínas relacionadas ao processo apomítico. O peso molecular e o ponto isoelétrico destas proteínas de expressão diferencial foram estimados e constituem, então, um banco de dados para futuros trabalhos de purificação e seqüenciamento das mesmas.

There are evidences that one or a few genes only regulate the apomictic process in citrus. However, the genes identities, their products and mode of action were not elucidated yet. As proteins are the final products of gene expression, the investigation of protein expression can lead to a better understanding of the apomictic process. In this research, the bidimensional protein electrophoresis technique was used to compare protein profiles from apomictic and zygotic seedlings of citrus. Three classes of proteins were observed based on bidimensional profiles: a) those observed in either one of the profiles, b) those exclusive to the apomictic profile, and c) those exclusive to the zygotic profile within that class of proteins shared by both profiles. Differences in the expression level were observed for apomitic or zygotic seedlings. The class of protein exclusive to the zygotic profile is probably related to the expression of genes inherited from the male parental. The proteins detected in the apomictic profile could be related to the apomictic process itself. The molecular weight and the isoelectric point of these differentially expressed proteins were also estimated and probably constitute an important data base for future work on purification and sequencing of these proteins.

2022 downloads

14.

Reação enzimática ao estresse salino durante a germinação de estilosantes
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Gonela, Adriana

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Rodrigues, Teresinha de Jesus Deléo

; Paterniani, Maria Lidia Stipp

Pesquisa Agropecuária Brasileira

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Jan 2004, Volume 39 Nº 1 Páginas 93 - 95

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência do NaCl nos sistemas isoenzimáticos durante o estádio inicial de germinação do Stylosanthes guianensis (Aubl.) Sw. Sementes das variedades botânicas canenscens, microcephala, pauciflora e vulgaris foram colocadas para germinar em caixas de plástico, com papel-filtro umedecido com água (controle) e solução de NaCl (134 mmol), em estufa BOD, por 14 horas. Após este período, foi realizada a extração das enzimas glutamato desidrogenase e peroxidase. As enzimas apresentaram comportamentos diferenciados nas quatro variedades quando submetidas ao estresse salino.

The objective of this work was to evaluate the influence of the NaC1 on isoenzyme systems during the initial stage of germination of Stylosanthes guianensis (Aubl.) Sw. Seeds of the botanical varieties canenscens, microcephala, pauciflora and vulgaris were placed to germinate in plastic boxes, with filter paper moistened with water (control) and NaC1 solution(134 mmol), in BOD greenhouse, for 14 hours. After this period, the extraction of glutamate dehydrogenase ensymes and peroxidase was carried out. The enzymes presented differentiated behaviors in the four varieties when subjected to the saline stress.

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15.

A microsatellite library for Carica papaya L. cv. Sunrise solo
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Santos, Silvia Correa

; Ruggiero, Carlos

; Silva, Cristina Lacerda Soares Petrarolha

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

Revista Brasileira de Fruticultura

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Ago 2003, Volume 25 Nº 2 Páginas 263 - 267

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Em áreas experimentais das Fazendas de Ensino e Pesquisa da UNESP/Campus de Ilha Solteira e Jaboticabal foram selecionadas e marcadas 20 plantas hermafroditas e 20 femininas dos cultivares Sunrise Solo, Improved Sunrise Solo cv.72/12 e Baixinho de Santa Amália. As sementes provenientes dos frutos selecionados foram plantadas para analisar-se a eficiência da autofecundação e a freqüência dos sexos nas progênies. Posteriormente, amostras de tecido foliar jovem das plantas matrizes foram coletadas para a extração de DNA. Foram construídas cinco bibliotecas enriquecidas de seqüências microsatélites, utilizando-se as sondas (TCA)10, (TC)13, (GATA)4, (CAC)10 e (TGAG)8. Foi possível o desenvolvimento de primers somente com a biblioteca que utilizou a sonda (TCA)10 . Esta permitiu o desenho de 32 pares de primers. Destes, 31 apresentaram padrão de banda única em agarose Metaphor e em acrilamida. Para o primer S36 foram observadas 2 bandas, mas sem polimorfismo para diferenciação da forma sexual na cultura do mamoeiro. No entanto, estes primers poderão ser testados na investigação de outras características em populações segregantes desta espécie e de espécies afins, análises de germoplasma, identificação de cultivares, evolução parental e marcas em melhoramento assistido.

In experimental areas of the Education and Researches Ilha Solteira and Jaboticabal UNESP/Campus farms were selected and tagged 20 hermaphrodite plants and 20 feminine of cultivar Sunrise Solo, Improved Sunrise Solo cv.72/12 and Baixinho of Santa Amália.The seeds origined of the selected fruits were cropped to be analysed the self-pollination efficiency and frequency of the sex in the progenies. After that, samples of the young leaf of the matrix plants were colected for the extration of the DNA. It was built five library enriched of microsatellite sequencies, using probes (TCA)10, (TC)13, (GATA)4, (CAC)10 e (TGAG)8.It was possible the development of the primers only in the library that has utilized the probe (TCA)10. This probe allowed the design of 32 primer pairs. From these, 31 presented pattern of unique band in agarose Metaphor and in acrilamide. For primer S36 were observed 2 bands, but with no polymorphism to differentiation in the sexual form at papaya tree culture. However, these primers can be tested, in the futures, in the investigation of the others features in segregated populations of this specie and the related species, germoplasm analysis, cultivars identification, parent evolution and molecular markers for the assisted plant breeding programs.

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